小龙虾相关的污染因素包括：重金属污染（铅、汞、砷、镉），致病菌污染（沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、铜绿假单胞菌），寄生虫污染（肺吸虫），洗虾粉相关污染（草酸、亚硫酸盐、亚硝酸盐、柠檬酸）。
小龙虾重金属污染问题一直饱受争议，但其含量主要受到小龙虾的饲养环境的影响：小龙虾腮腺和虾黄部位的铅、砷、镉含量高于虾肉；虾肉中汞高于腮腺和虾黄；幼虾重金属含量高于成年虾。
尽管如此，市面上养殖的小龙虾重金属含量大部分低于卫生标准，健康危害小，尚没有食用小龙虾引起重金属中毒的相关报导，但如果过量食用还是有一定的潜在健康危害。而致病菌污染和寄生虫污染问题的健康危害较小，在充分煮熟后可基本排除相关风险。洗虾粉相关污染则在对小龙虾进行充分的清洗后，可去除干净，并不会造成相关健康危害。