生洋葱中的刺激性物质含量高会对胃黏膜产生刺激，引起肠胃不适，所以胃炎、胃溃疡以及十二指肠溃疡等患者都不建议吃生洋葱。
生洋葱对胃刺激大，但不意味着吃熟洋葱就没事了。不管生熟，吃洋葱后肠胃都容易产气，引起腹胀腹痛，所以胃肠手术患者也不建议吃洋葱。
此外，易过敏体质的人和患有皮肤瘙痒性疾病患者也不建议吃洋葱。