木耳含有蛋白质、卵磷脂、铁、钙、镁、木耳多糖等多种营养成分，还富含膳食纤维，有助于预防便秘，调节血脂。
黑木耳本身无毒，若浸泡时间过久，周围环境卫生质量较差，可能会感染椰毒假单胞菌，并产生毒素米酵菌酸，中毒严重者可致命。浸泡木耳前，要把木耳和容器仔细清洗干净，泡发的时间控制在3小时之内。天热时，最好在冰箱里泡发，低温可延缓微生物的繁殖速度。期间可换2-3次水，保持浸泡水清澈。每次吃多少泡多少，浸泡银耳也是同理。
从营养的角度来说，并不主张加盐泡木耳，这样会导致盐进入木耳中，无形增加盐的摄入。